本系組織與運作包括系務會議、導師會議及因應各種工作任務而增設之委員會或工作小組。系務會議成員由本系各專任教師組成，每學期定期召開，並於會中決議重大系務以及本系未來發展方向。導師會議由系主任及各班級之導師所組成，每學期分別於期初、期中及期末配合系務會議召開，會中由主任宣達學校重要措施以及各項班級配合事項，如新生班或畢業班注意事項等，並由各導師報告班級出缺席狀況、學習狀況以及學生輔導情形等。除系務會議與導師會議外，本系設有教師評審委員會、課程委員會及各工作小組如課程發展小組、圖儀規劃業務窗口、環境安全衛生小組、招生宣導規劃小組、產學合作暨策略聯盟推廣小組、學生校外實習輔導小組、學生考照輔導小組。有關學生組織，本系有系學會組織，由教師擔任學會指導老師；本系教師亦擔任社團指導老師協助學生經營社團推動學生自組社團活動。

海洋事業學院組織架構圖

輪機工程系組織架構圖