本系之成立乃為配合國家「發展海洋教育政策白皮書」、「海洋興國·臺灣出航」政策之需求，迎接全球海運時代的來臨及順應船舶與輪機產業的專業技術應用。本系創立於民國55年3月，原名為輪機科，96年8月配合學校升格改制為技術學院，改名為輪機工程系。本系創立初期適逢航運業景氣，第一屆招收五專學生三班，每班50名，合計150名；第二屆招收五專學生4班，56-57學年度招收五專學生3班，58-72學年度招收五專學生四班。其後由於家庭因素、社會型態與價值觀之變遷，有志於海上事業發展之青年學子，有逐年減少之趨勢。自73學年度起招收3班，83學年度起招收2班，84學年度起實施男女兼收。87學年度起招收五專部1班、二專部1班，89學年度起暫停招收五專部，招收二專部2班及夜間二專部1班。

96學年度招收五專部1班、二專部2班、夜間二專部1班、二技部2班、四技部1班及產學專班二專部1班；97學年度減招為二專部1班、夜間二專部1班、二技部1班及四技部1班；99學年度增招為二專部2班。100學年度招收二專部2班、四技1班、二技部1班及夜間二專1班，101學年度維持前一學年度招生班級數，確立本系學制結構為日間部四技及二專加二技(2+2)模式，夜間部則設立二專一班，主要以提供有志於從事海工作之社會青年的回流教育。

歷任系主任：