本系教育目標明確，旨在培養學生具有適任操作級及管理級輪機船員之技術，鼓勵學生投入海洋事業，並積極推動「鍋爐操作」及「第一種壓力容器」技術士技能檢定，系發展目標與產業需求密切集合。全系教師全力輔導學生考取專業證照、接受專業訓練，加強學生職場專業所需能力，期能使學生「畢業即就業」、「上船即上手」。
本系發展重點秉持理論與實務配合，科技與人文並重，本土化與國際化接軌，以奠定學生繼續深造與未來就業之基礎。本校航海系、輪機工程系及海事訓練中心除原有DNV挪威商立恩威驗證(股)公司的ISO 9001:2008品質管理認證外，於103年8月榮獲NK日本海事協會的ISO 9001:2008認證通過，成為國內海事訓練及教育單位唯一通過國際知名船級社ISO 9001:2008品質管理「雙認證」的單位。
本校注重輪機工程系之發展，於104學年度取得教育部補助，建置輪機模擬機，提升船員訓練能量，搭配102年建置之水管鍋爐及殺菌釜，對學生實務操作及考照有莫大助益。本校訂有校務五年發展計畫，明定校及系之短中長程發展目標，使本系之發展目標與核心能力能與校相結合。本系依據本校組織規程訂定各委員會及各項工作任務小組，系務決策由全體教師共同討論，系務工作藉由分工得以運作順利。