本系之成立乃為配合國家「發展海洋教育政策白皮書」、「海洋興國·臺灣出航」政策之需求，迎接全球海運時代的來臨及順應船舶與輪機產業的專業技術應用。本系創立於民國55年3月，原名為輪機科，96年8月配合學校升格改制為技術學院，改名為輪機工程系。本系創立初期適逢航運業景氣，第一屆招收五專學生三班，每班50名，合計150名；第二屆招收五專學生4班，56-57學年度招收五專學生3班，58-72學年度招收五專學生四班。其後由於家庭因素、社會型態與價值觀之變遷，有志於海上事業發展之青年學子，有逐年減少之趨勢。自73學年度起招收3班，83學年度起招收2班，84學年度起實施男女兼收。87學年度起招收五專部1班、二專部1班，89學年度起暫停招收五專部，招收二專部2班及夜間二專部1班。
96學年度招收五專部1班、二專部2班、夜間二專部1班、二技部2班、四技部1班及產學專班二專部1班；97學年度減招為二專部1班、夜間二專部1班、二技部1班及四技部1班；99學年度增招為二專部2班。100學年度招收二專部2班、四技1班、二技部1班及夜間二專1班，101學年度維持前一學年度招生班級數，確立本系學制結構為日間部四技及二專加二技(2+2)模式，夜間部則設立二專一班，主要以提供有志於從事海工作之社會青年的回流教育。
歷任系主任：
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第1任
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金龍靈(主任)
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自 創科～63年7月
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第2任
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王顯民(主任)
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自63年8月～66年1月
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第3任
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李家騏(主任)
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自66年2月～68年1月
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第4任
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陸益群(主任)
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自68年2月～73年7月
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第5任
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何鐵生(主任)
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自73年8月～83年7月
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第6任
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張木標(主任)
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自83年8月～85年7月
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第7任
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何鐵生(主任)
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自85年8月～90年7月
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第8任
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王逸萍(主任)
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自90年8月～95年1月
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第9任
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何鐵生(主任)
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自95年2月～96年2月
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第10任
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王逸萍(主任)
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自96年3月～96年7月
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第11任
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何鐵生(主任)
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自96年8月～97年7月
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第12任
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王逸萍(主任)
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自97年8月～101年7月
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第13任
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歐陽寬(主任)
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自101年8月～105年7月
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第14任
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黃中信(主任)
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自105年8月～106年1月
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第15任
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林瑞國(主任)
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自106年2月～107年7月
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第16任
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黃中信(主任)
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自107年8月～108年7月
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